サケやアユ等に代表されるように、魚類は有用水産資源であり、人間生活と関わりの深い生物グループです。魚類の生息は、湧水や瀬・淵などの環境と密接に関わっており、産卵には特定の環境を必要とするため、水域の生物多様性を指標する種類となります。
底生動物とは生態学的な分類名称で、貝類や水生ミミズ類、甲殻類、昆虫類など、生態系における分解者や一次消費者など多様な種類が含まれます。これらの種類は、各種の汚濁耐性や生活型等の違いにより、水質や河床状況といった水域環境の状況を知る上での指標となっており、生物多様性を考える上でも重要な生物グループとなっています。